Pregunta Eliminar filas con todas o algunas NA (valores faltantes) en data.frame

Tratar na.omit(your.data.frame). En cuanto a la segunda pregunta, intente publicarla como otra pregunta (para mayor claridad).

Prefiero seguir la forma de verificar si las filas contienen alguna NA:

row.has.na <- apply(final, 1, function(x){any(is.na(x))})

Esto devuelve un vector lógico con valores que indican si hay alguna NA en una fila. Puedes usarlo para ver cuántas filas tendrás que soltar:

sum(row.has.na)

y eventualmente dejarlos caer

final.filtered <- final[!row.has.na,]

Para filtrar filas con cierta parte de NA, se vuelve un poco más complicado (por ejemplo, puede enviar 'final [, 5: 6]' a 'aplicar'). En general, la solución de Joris Meys parece ser más elegante.

Si te gustan las tuberías (%>%), tidyres nuevo drop_na es tu amigo:

library(tidyr)
df %>% drop_na()
#              gene hsap mmul mmus rnor cfam
# 2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
# 6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2
df %>% drop_na(rnor, cfam)
#              gene hsap mmul mmus rnor cfam
# 2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
# 4 ENSG00000207604    0   NA   NA    1    2
# 6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2

Otra opción si desea un mayor control sobre cómo se considera que las filas son inválidas es

final <- final[!(is.na(final$rnor)) | !(is.na(rawdata$cfam)),]

Usando lo anterior, esto:

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234    0   NA   NA   NA   2
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
3 ENSG00000221622    0   NA   NA   2   NA
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
5 ENSG00000207431    0   NA   NA   NA   NA
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

Se convierte en:

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234    0   NA   NA   NA   2
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
3 ENSG00000221622    0   NA   NA   2   NA
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

... donde solo se elimina la fila 5 ya que es la única fila que contiene NA para ambos rnor Y cfam. La lógica booleana se puede cambiar para ajustarse a requisitos específicos.

Si desea controlar cuántas NA son válidas para cada fila, pruebe esta función. Para muchos conjuntos de datos de encuestas, demasiadas respuestas a preguntas en blanco pueden arruinar los resultados. Entonces se eliminan después de un cierto umbral. Esta función le permitirá elegir cuántas NA puede tener la fila antes de ser eliminada:

delete.na <- function(DF, n=0) {
  DF[rowSums(is.na(DF)) <= n,]
}

Por defecto, eliminará todas las NA:

delete.na(final)
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2

O especifique la cantidad máxima de NA permitidas:

delete.na(final, 2)
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
4 ENSG00000207604    0   NA   NA    1    2
6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2

Esto devolverá las filas que tienen al menos UN valor no NA.

final[rowSums(is.na(final))<length(final),]

Esto devolverá las filas que tienen al menos DOS valores no NA.

final[rowSums(is.na(final))<(length(final)-1),]

También podemos usar la función de subconjunto para esto.

finalData<-subset(data,!(is.na(data["mmul"]) | is.na(data["rnor"])))

Esto dará solo aquellas filas que no tienen NA tanto en mmul como en rnor

Usando el paquete dplyr podemos filtrar NA de la siguiente manera:

dplyr::filter(df,  !is.na(columnname))